La Escuela del Ngen Ko (espíritu del agua) busca recuperar junto a niñas, niños y jóvenes mapuche la memoria del agua, involucrando a las comunidades en el rescate de la oralidad del Ngen Ko como construcción de identidad territorial y protección de los ecosistemas naturales, con especial en ecosistemas acuáticos continentales y costeros.
En este sentido, el programa educativo comprende tanto desafíos prácticos -orientados a la mantención de una interacción equilibrada con el medio ambiente-, como también desafíos de carácter cultural comunicativos, pues se sostiene del rescate y transmisión de tradiciones y cosmovisiones que hasta ahora se han mantenido principalmente vía oral.

La implementación del proyecto se sostiene de dos principales referentes metodológicos: por un lado, metodologías de Educación Popular y, por otro lado, metodología de Investigación Acción Participativa. El marco de la educación popular permite la generación e internalización de conocimientos y saberes sobre la base de la experiencia de las niñas, niños y jóvenes participantes, otorgándole un sentido práctico y vital a la experiencia educativa, mientras que la Investigación Acción Participativa facilita la generación y mantención en el tiempo de nuevas y diferentes prácticas de vida orientadas al equilibrio entre las diferentes necesidades que presentan comunidades territoriales y el entorno medio ambiental en que se encuentran insertas. Esto, dentro de un marco de rescate y vigencia de la cosmovisión ancestral de los pueblos originarios.